Při svém založení v druhé polovině 13. století měl hrad patrně jednoduchou dispozici tvořenou palácem,
kruhovou věží bergfritem a polygonální obvodovou hradbou, z této fáze se dochovaly pouze části hradby široké 2,5 metru. Zda měl hrad již v této době svou průchozí dispozici se dvěmi branami, není známo.

• K vrcholně gotické přestavbě a rozšíření hradu dochází až po roce  1358, kdy Nové Hrady kupují Rožmberkové - stavba nového paláce, založení parkánu a opevnění podhradí.
• V 90. letech 14. století se na hradě nacházely tyto budovy – velká hradní věž, původní palác ze 13. století (tzv. starý dům), mladší gotický palác nazývaný velký dům a třetí budova označovaná jako prostřední dům. Z provozních a hospodářských budov jsou uváděny pivovar, chlévy, stáje a sýpka.
• V 90. letech 15. století bylo zesíleno parkánové opevnění, které bylo zpevněno jednou hranatou a třemi válcovitými baštami, zadní brána byla rozšířena o vnější přístavbu.     
• Původní přední brána byla v prvních desetiletích 16. století nahrazena mohutnou dvoupatrovou pozdně gotickou branou s padacím mostem. Na západní straně nádvoří byl vybudován  na místě starší zástavby nový dvoupatrový palác, jehož okna v přízemí patří  k prvním projevům renesance v jižních Čechách.
• V pozdní gotice byla přistavěna hradní kuchyně, přilepená k hlavní hradbě, a u zadní brány renesanční pivovar, který zde fungoval až do buquoyské éry, kdy byl přeměněn na byty.
• 1573 výbuch velké věže bergfritu - bergfrit zničen a poškozeny i okolní budovy.
• K obnově hradu došlo až za   vlády Petra Voka z Rožmberka, který v roce 1605 do Nových Hradů vyslal italského stavitele Antonia Canevala.   Úpravy se týkaly i hradního příkopu, který byl v  této době zřejmě rozšířen a obezděn, takže se svou hloubkou 15 m a šířkou 23 m patří k nejmohutnějším příkopům v české hradní architektuře.
• Po polovině 18. století byly zřízeny nové šindelové střechy, vydlážděny průjezdy a nově zaklenuty stáje a brány. V letech 1792 – 1798 nechal Jan Nepomuk Buquoy na jižní straně nádvoří přestavět budovu paláce na byty úředníků, dále pak zvýšit věž hlavní brány, do níž nechal umístit buquoyský archiv.