Hrad Nové Hrady byl postaven na ostrohu obtékaném říčkou Stropnicí a Novohradským potokem zřejmě v první polovině 13. století. První písemná zmínka pochází z roku 1279, kdy se hrad stal majetkem Vítkovce Ojíře. Roku 1358 panství kupují bratři Jan, Petr, Jošt a Oldřich z Rožmberka. Z nich zde pobýval delší dobu pouze Oldřich. Další Rožmberkové hrad většinou obývali pouze dočasně.

Hrad pak sloužil jako centrum Novohradského panství, jenž patřilo mezi největší rožmberské majetky, a také jako důležitý vojenský opěrný bod. V průběhu husitských válek byl hrad vypálen táborským hejtmanem Janem, řečeným Bzdinka. V roce 1573 se při bouři vzňal od blesku střelný prach uskladněný v mohutné válcové věži stojící ve východní části nádvoří, následný výbuch věž rozmetal a poškodil i okolní budovy. Zkázu dokonalo v roce 1590 poměrně silné zemětřesení. Hrad byl těžce poškozen a uvažovalo se dokonce o jeho stržení. Zlikvidovány byly nakonec pouze ruiny mohutného bergfritu a zřejmě také těsně přiléhající palác. Zbytek hradního areálu byl opraven a nově opevněn podle návrhů italského architekta Antonia Canevalla.

Smrtí posledního Rožmberka Petra Voka v roce 1611 přešlo panství na základě dědické smlouvy do majetku pánů ze Švamberka. Petr ze Švamberka se aktivně účastnil stavovského povstání (1618-1620) na straně stavů, a proto byl hrad obléhán císařskými generály: v březnu 1619 nejprve generálem Dampierrem, poté v červnu 1619 generálem Buquoyem, který také hrad dobyl. Listinou z 6. února 1620 získal Karel Bonaventura Buquoy od císaře za své zásluhy a jako umoření dluhů panství Nové Hrady, Rožmberk a Libějovice. Krátce na to byl při následném tažení do Uher Karel Bonaventura zastřelen při obléhání Nových Zámků. Jeho manželka Marie Magdalena z Biglia, žijící v Belgii, nejdříve dosadila na novohradské panství správce, bratry Gerhadta a Filipa van Stratten. Poté, co se přesvědčila o jejich nespolehlivosti, přesídlila v roce 1623 natrvalo do Čech.

Na novohradském náměstí na místě panských domů nechala vybudovat pohodlnou rezidenci, do které přestěhovala své sídlo roku 1635. Zde Buquoyové sídlili až do počátku 19. století, kdy byl postaven nový empírový zámek na severní straně města. Novohradský hrad tak definitivně ztratil svoji rezidenční úlohu a byl v tomto období využíván pro bydlení panských úředníků, jako lesní správa a k dalším hospodářským účelům.

Koncem 18. století byla přistavěna horní část severovýchodní věže, kde byl uložen rodinný archiv Buquoyů a knihovna. Na konci druhé světové války na hradě zřídila velitelství rudá armáda a část archiválií byla zničena. Na základě důkazů o kolaboraci posledního majitele Karla Jiřího bylo Buquoyům panství zkonfiskováno a předáno do péče státu. V padesátých letech dvacátého století byla v části hradu zřízena expozice převážně hyalitového skla, zbytek sloužil nadále jako byty a později část také jako lidová škola umění a kulturní středisko. V osmdesátých letech prošel hrad rozsáhlou rekonstrukcí. V roce 2000 byla vybudována nová expozice a v roce 2002 hrad přešel do správy Státního památkového ústavu, dnes NPÚ, který ho spravuje doposud.